Natürlich gibt es auch bei USB-Mikrofonen nicht nur Vorzüge. Je nach Anwendungszweck ist ein klassisches Setup eher geeignet als ein USB-Mikrofon. In erster Linie sollte man immer bedenken, dass man bei USB-Mikrofonen klanglich bei weitem nicht so flexibel ist wie mit klassischen Mikrofonen. So wird die Klangqualität der fest verbauten Komponenten für die Analog-Digital-Wandlung vom Hersteller bestimmt und kann nachträglich nicht individuell beeinflusst werden. Einzelne Komponenten, wie beispielsweise das Interface können somit nicht verbessert oder ersetzt werden. Zudem lässt sich ein USB-Mikrofon nicht ohne Weiteres in komplexere Setups (z. B. mehrere Mikrofone, Studioperipherie) einfügen. Außerdem bietet der USB-Anschluss je nach Gerät unterschiedliche, oft sogar unbekannte Spannungen für Mikrofone, was Einbußen bzw. Verzerrungen im Klang zur Folge haben kann.